تجزیه ارتباطی برخی صفات مورفولوژیک گندم دوروم (.Triticum turgidum var. durum Desf) در شرایط دیم و آبیاری تکمیلی با استفاده از نشانگر مولکولی SSR

نوع مقاله : مقاله پژوهشی

نویسندگان

1 دانشجوی دکتری ژنتیک و به نژادی گیاهی، دانشکده کشاورزی، واحد سنندج،دانشگاه آزاد اسلامی، سنندج، ایران

2 استادیار، دانشکده کشاورزی، واحد سنندج، دانشگاه آزاد اسلامی، سنندج، ایران

3 استادیارگروه اصلاح نباتات، دانشکده کشاورزی، دانشگاه شاهد، تهران، ایران

4 استاد، موسسه تحقیقات اصلاح و تهیه نهال و بذر، سازمان تحقیقات، ترویج و آموزش کشاورزی،کرج، ایران

چکیده

مقدمه: گندم دوروم یکی از مهمترین غلات زراعی جهان است. تنش‌های مختلف محیطی مانند تنش خشکی می‌تواند بر عملکرد آن تأثیر بگذارد. تنش خشکی از مهمترین و شایعترین علل افت عملکرد گندم در اغلب نقاط جهان است. بخش وسیعی از اراضی زیر کشت گندم ایران در مناطق دارای آب‌ و هوای مدیترانه‌ای واقع شده است. در این مناطق بخش اصلی بارندگی در فصل زمستان و اوایل بهار است و از اواسط بهار همزمان با کاهش بارندگی و رطوبت محیط، دمای هوا نیز به شدت افزایش مییابد. تحمل به خشکی یک ویژگی کمی پیچیده است که توسط بسیاری از ژن ها کنترل می‌شود و یکی از صفات دشوار برای مطالعه و توصیف آن است. با این وجود، مطالعات موجود در مورد خشکی نشان داده است که مکانیسم مقاومت به خشکی گیاهان از نظر مورفولوژیکی، فیزیولوژیکی و مولکولی است و برای مقابله با تنش خشکی نظیر غربالگری انبوه ، اصلاح، انتخاب مارکر، کاربرد هورمونهای برونزا استراتژی هایی ابداع شده است. بنابراین یافتن راهی برای رشد گیاهان با آب محدود در آن مناطقی که محروم از آب هستند ضروری است.
مواد و روش‌ها: این تحقیق با هدف شناسایی نشانگرهای مولکولی مرتبط با صفات مورد بررسی با استفاده از نشانگر SSR در شرایط دیم و آبیاری تکمیلی انجام شد. تعداد150 ژنوتیپ گندم دوروم شامل دو منبع ژرم پلاسم گندم دوروم ایکاردا و ژرم پلاسم گندم دوروم ایرانی در دو سال زراعی 97- 1396 و 98-1397 به صورت طرح حجیم شده (Augmented) با چهار شاهد در 6 بلوک در مزرعه تحقیقاتی پردیس کشاورزی و منابع طبیعی دانشگاه رازی کرمانشاه در دو سایت آبی و دیم کشت شد. صفات ارتفاع بوته، طول پدانکل، ضخامت ساقه اصلی، طول سنبله، تعداد گره ساقه اصلی، وزن سنبله، تعداد دانه در سنبله، وزن دانه در سنبله و وزن هزار دانه 10 بوته به طور تصادفی انتخاب و اندازه گیری شد.
یافته‌ها: براساس نتایج بدست آمده نشانگر gwm513 در محیط آبیاری تکمیلی و نشانگر gwm448-1 در محیط دیم بیشترین همبستگی را با صفت تعداد دانه در سنبله داشتند (به ترتیب 35 درصد و 30 درصد). نشانگرهای gwm153 و gwm408 بدلیل ضریب تبیین بالا (35-18 درصد) و بیشترین رابطه معنی‌دار با صفات مربوط به عملکرد به عنوان مناسب‌ترین نشانگرها برای بهبود اغلب صفات مربوط به عملکرد در محیط دیم پیشنهاد می‌شوند. می‌توان از این نشانگرها که بیشترین رابطه با صفات برای آن معنی‌دار شدند، در جهت بهبود تعداد بیشتری از صفات بهره گرفت و به عنوان نشانگرهای مناسب جهت شناسایی مکان‌های ژنی کنترل کننده تحمل به تنش خشکی و انتخاب به کمک نشانگر معرفی نمود.
نتیجه‌گیری: در محیط آبیاری تکمیلی در مجموع 24 ارتباط معنی دار نشانگر با صفات مورد مطالعه شناسایی شد که در این میان صفت تعداد دانه در سنبله دارای بیشترین میزان تغییرات تبیین شده (30 درصد) توسط نشانگر مرتبط بود.  در محیط دیم در مجموع 21 ارتباط معنی‌دار نشانگر با صفات مورد مطالعه شناسایی شد که در این میان صفت تعداد دانه در سنبله دارای بیشترین میزان ضریب تبیین شده (35 درصد) توسط نشانگر مرتبط بود. در محیط آبیاری تکمیلی از 17 نشانگر SSR که به طور معنی‌داری با صفات مورد مطالعه مرتبط هستند، پنج نشانگر و در محیط دیم از 13 نشانگر مرتبط با صفات در این محیط 4 نشانگر در بیش از یک ویژگی مشارکت داشتند.

کلیدواژه‌ها


عنوان مقاله [English]

Association analysis of some morphological traits of durum wheat (Triticum turgidum var. Durum Desf) in rainfed and supplementary irrigation conditions using SSR molecular marker

نویسندگان [English]

  • Soheyla Ahmadi 1
  • Farzad Fayyaz 2
  • Amir Mohammad Naji 3
  • Mostafa Aghaei Sarbarzeh 4
1 Ph.DStudent Genetic and Plant Breeding, Faculty of Agriculture, Sanandaj Branch, Islamic Azad University, Sanandaj, Iran.
2 Assistant Professor, Faculty of Agriculture, Sanandaj Branch, Islamic Azad University,Sanandaj , Iran
3 Assistant Professor, Department of Plant Breeding, Faculty of Agriculture, Shahed University, Tehran, Iran
4 Professor, Seed and Plant Improvement Institute, Agriculture Research Education and Extension Organization (AREEO), Karaj, Iran
چکیده [English]

Introduction: Durum wheat is one of the most important crops in the world. Various environmental stresses such as drought stress can affect grain yield. Drought stress is one of the most important and common causes of wheat yield decline in most parts of the world. A large part of Iran's wheat cultivated lands is located in a Mediterranean climate. In these areas, the main part of rainfall is in winter and early spring, and from mid-spring, along with reduced rainfall and ambient humidity, the air temperature also rises sharply. Drought tolerance is a slightly complex trait controlled by many genes, and it is one of the most challenging traits to study and describe. Nevertheless, existing studies on drought have shown that the drought resistance mechanism of plants is morphological, physiological, and molecular, and strategies have been developed to deal with drought stress such as mass screening, modification, marker selection, and the use of exogenous hormones. Therefore, it is necessary to find a way to grow plants with limited water in areas deprived of water.
Materials and methods: The study was conducted to identify molecular markers associated with the studied traits using SSR markers in rain-fed and supplementary irrigation conditions. The seeds of 150 genotypes of durum wheat, including two germplasm of durum wheat of ICARDA and germplasm of durum wheat of Iran, originated from the Seed and Plant Research Improvement Institute of Karaj, were planted in two cropping years 2018-2019 and 2019-2020. The experiment was performed in an augmented design with four controls in 6 blocks in the Farm of the Agricultural and Natural Resources Campus of Razi University of Kermanshah in supplementary irrigation and rainfed sites. The traits of plant height, peduncle length, weight of main stem, spike length, number node, weight spike, number grain per spike, weight grain per spike, thousand kernel weight were selected randomly and measured in 10 plants.
Results: Based on the results, the GWM513 marker in the supplementary irrigation environment and the marker of GWM448-1 in the rain-fed environment showed the highest correlation with the number of seeds per spike (35% and 30%, respectively). GWM153 and GWM408 markers are suggested due to the high explanation coefficient (18-35%) and the most significant relationship with yield traits as the most suitable markers to improve most of the traits related to yield in rain-fed conditions.
Conclusion: In the supplementary irrigation environment, a total of 24 significant markers were identified with the studied traits; among them, the number of seeds per spike had the highest amount of changes explained (30%) by the associated marker. In the rain-fed environment, a total of 21 significant associations of markers with the studied traits were identified among them; the number of seeds per spike had the highest coefficient explained (35%) by the associated marker. In the supplementary irrigation environment, 17 SSR markers significantly related to the studied traits, five markers, and in the rain-fed environment, out of 13 markers related to traits in this environment four markers participated in more than one feature.
 

کلیدواژه‌ها [English]

  • Quantitative traits
  • association mapping
  • microsatellite markers
Abobatta, W.F. 2019. Drought adaptive mechanisms of plants – a review. Advances in Agriculture and Environmental Science. 2(1): 62−65.
Ataei, R., Gholamhoseini, M and Mohammadi, V. 2017. Association mapping in plants. Cropbiotechnology.nology 18: 25-37.
Blanco, A., Simeone, R and Gadaleta, A. 2006. Detection of QTLs for grain protein content in durum wheat. Theoretical and Applied Genetics. 112: 1195–1204.Bousba, R., Baum, M., jighly, A., Djekoune, A., Lababidi, S., Benbelkacem, A., labhilili, M., Gaboun, F. and Ykhlef, N. 2013. Association analysis of genotypic and phenotypic traits using SSR marker in durum wheat.Online International Interdisciplinary Research Journal. 3(4): 60-79.
Cattivelli, L., Rizza, F., Badeck, F.W., Mazzucotelli, E., Mastrangelo, A.M., Francia, E., Marè, C., Tondelli, A and Stanca, A.M. 2008. Drought tolerance improvement in crop plants: an integrated view from breeding to genomics. Field Crops Research, 105:1–14.
Evanno, G., Regnaut, S and Goudet, J. 2005. Detecting the number of clusters of individuals using the software STRUCTURE: a simulation study. Molecular Ecology. 14: 2611–2620.
Golabadi, M., Arzani, A and Mirmohammadi Maibody, S.A.M. 2012. Mapping of loci controlling phenological traits in durum wheat under drought stress and non-stress conditions using SSR markers. Iranian Journal of Crop Sciences. 13(4): 712-729. [In Persian].
Hussain, S., Hussain, S., Qadir, T., Khaliq, A., Ashraf, U., Parveen, A., Saqib, M and Rafiq, M. 2019. Drought stress in plants: An overview on implications, tolerance mechanisms and agronomic mitigation strategies. Plant Science Today. 6(4):389-402.
Maccaferri, M., Sanguineti, M.C., Demontis, A., El-Ahmed, A., del Moral, L.G., Maalouf, F., Nachit, M., Nserallah, N., Ouabbou, H., Rhouma, S., Royo, C., Villegas, D and Tuberosa, R. 2011. Association mapping in durum wheat grown across a broad range of water regimes. Journal of Experimental Botany. 62(2): 409–438.
Mir, R.R., Zaman-Allah, M., Sreenivasulu, N., Trethowan, R and Varshney, R.K. 2012. Integrated genomics, physiology and breeding approaches for improving drought tolerance in crops. Theoretical and Applied Genetics, 125: 625–645.
MirMohammadi Maibody, S.A.M and Golkar, P. 2019. Application of DNA Molecular Markers in Plant Breeding (Review Article). Plant Genetic Researches. 6(1): 1-29. [In Persian].
Mohammadi, R., Armion, M., Sadeghzadeh, B., Golkari, S., Khalilzadeh, G.H., Ahmadi, H., Abedi-Asl, G.H and Eskandari, M. 2016. Assessment of grain yield sability and adaptability of ranfed durum wheat breeding lines. Applied Field Crops Research. 29(4): 5-42. (in Persian)
Rosenberg, N.A., Burke, T., Elo K., Feldman, M.W., Freidlin, P.L., Groenen, M.A.M., Hillel, J., Mäki Tanila, A., Michèle T. B., Vignal, A., Wimmers, K and Weigend, S. 2001. Empirical evaluation of genetic clustering methods using multilocus genotypes from 20 chicken breeds. Genetics. 159: 699–713.
Royo, C., Nazco, R and Villegas, D. 2014. The climate of the zone of origin of mediterranean durum wheat 15 (Triticum Durum Desf.) landraces affects their agronomic performance. Genetic Resources and Crop Evolution, 61 (7): 1345-1358.
Stich, B and Melchinger, A. E. 2010. An introduction to association mapping inplants. CAB Reviews, 5: 1-9.
Xynias, I.N., Mylonas, I., Korpetis, E.G., Ninou,E., Tsaballa, A., Avdikos, I.D and Mavromatis, A.G. 2020. Durum wheat breeding in the mediterranean region: current status and future prospects. Agronomy.  10(432): 1-27.